Плановые проверки санэпидемстанции осуществляются согласно плану, который утверждается главным государственным санитарным врачом. Существуют также проверки, проводимые вне утвержденного плана, они имеют место в случае жалоб физических лиц и предприятий. В случае проведения внеплановых проверок санэпидемстанция не обязана сообщать о предстоящей проверке руководству организации, которую будут проверять. Следовательно, сотрудники санэпидемстанции имеют право в любое время посетить предприятие с целью выявления возможных нарушений, и не допустить их к этому процессу на основании того, что вы не предупреждены об их визите заранее, не представляется возможным.

Помимо этого, существует такой вид проверки, как обязательная внеплановая проверка. Она может проводиться в случае, когда обследуются здания и сооружения, вводимые в эксплуатацию, выдается разрешение на осуществление какого-либо вида деятельности, если этот вид предполагает разрешение санитарно-эпидемиологической станции. К примеру, открытие парикмахерских, косметологических кабинетов, предприятий общепита.

При осуществлении плановых проверок санэпидемстанции, является обязательным наличие направления, выданного главным государственным санитарным врачом либо одним из его заместителей. Проверки проводят должностные лица санитарно-эпидемиологической станции.

Должностными лицами СЭС контролируется работа предприятий, по итогам проведения проверки составляются акт и протокол о нарушениях, которые имели место, в пределах своей компетентности и на определенной территории. То есть, санэпидемстанция определенного района не может проверить предприятие, которое расположено не в этом районе. Оформление документации по итогам проведения проверки чем-то напоминает проверку, проводимую органами пожарной безопасности.

По действующему законодательству, в ходе проведения плановых проверок санэпидемстанции, работники СЭС могут проводить осмотр территорий и объектов, которые подлежат проверке, производить отбор проб, которые нужны для проведения исследований (воздух, вода, почва), отбирать образцы продукции, досматривать транспортные средства и грузы, которые ними перевозятся на предмет соответствия их нормам и правилам санитарного законодательства, организовывать проведение санитарно-эпидемиологических расследований и многое другое. Нужно учитывать, что продукты или добавки, которые сняты с процесса реализации и материалы, которые непосредственно с ними контактируют, подлежат уничтожению, а, в случае их использования собственником не должны нести вред человеку и окружающей среде.