Санитарная дезинфекция проводится в лечебно-профилактических учреждениях и в заведениях общественного питания в первую очередь. Санитарные правила по дезинфекции предполагают использование лишь тех химических средств, которые являются официально разрешенными и прошли государственную регистрацию. Дезинфекция санитарно-технического оборудования должна проводиться в установленном порядке. Сандезинфекции подвергаются поверхности в лечебно-профилактических учреждениях, включая пол, стены, двери и подоконники, столы, жесткая мебель, поверхности медицинских аппаратов, приборов. Их протирают с помощью специальных дезинфицирующих растворов химического происхождения, о которых говорилось выше.

Эти средства обладают не только антимикробными, но и моющими свойствами, поэтому уместно их использовать сразу в двух целях. В том случае, если обработка производится в помещениях с пациентами или медицинским персоналом, то средства должны подбиться так, чтобы исключить их летучесть и аэрозольные свойства. Аэрозоли используют лишь в экстренных случаях или для дезинфекции труднодоступных поверхностей. В таком случае используют аэрозольные средства на основе спиртов. Также санитарная дезинфекция предполагает обеззараживание воздуха с помощью ультрафиолетовых ламп и бактерицидных излучателей.

Санитарно-техническое оборудование дезинфицируют с помощью ветоши или специальных ершиков, щеток с использованием дезинфицирующего раствора или порошкового, гелевого средства. Посуду в лечебно-профилактических учреждениях для начала освобождают от остатков пищи и питья, после чего опускают в дезинфицирующий раствор на рекомендуемое ВОЗ время. Спустя время посуду моют и ополаскивают под проточной водой. Белье же для дезинфекции стирают в специальных прачечных или перед обычной стиркой замачивают в дезинфицирующем растворе или кипятят. А подушки, одеяла, матрацы и иные большие постельные принадлежности дезинфицируют в специальных камерах.

Схожим образом производится дезинфекция санитарного транспорта, все съемные части которого обрабатываются отдельно, а помещение внутри моется специальным раствором. Наиболее требуют санитарной обработки изделия медицинского назначения. Они проходят дезинфекцию в специальных контейнерах с химическими средствами и растворами или в боксах для обработки высокими температурами.