Признаки нарколепсии внезапная сильная сонливость и мышечная слабость, по-видимому, является аутоиммунной болезнью. Ученые исследователи подозревают, что именно иммунные клетки уничтожают те клетки мозга, которые отвечает за производства белка гипоркатин, именуемый еще «гормон бодрствования». В человеческом мозге насчитывается примерно 70000 таких клеток.

Ранее проводимые исследования, доказало что есть генетическая предрасположенность к этой болезни. Почти у всех испытуемых страдающих этим заболеванием, иммунная система создает определенный тип протеинов - лейкоцитарные антигены, которые можно обнаружить только у 20 % людей. Исследователи уже давно предполагали, что благодаря иммунной системе происходят аутоиммунные процессы.

Вакцина против свиного гриппа Pandemrix, носящая часть возбудителя, спровоцировала рост нарколепсией. Болезнь распространилось у 15 тысяч привитых детей. Этот факт помог понять молекулярное начало этой болезни. Ученые обнаружили, что маленькие частички гипокретина и белка схожи. Из-за этого иммунная система не различает белок возбудителя от белка собственного организма.Это доказала и лабораторные исследования проводящих на 35 здоровых и 39 больных нарколепсией, что клетки иммунной системы реагируют на гипокретин, также как и на возбудитель.