На практике может использоваться несколько методов, приемов контроля качества дезинфекции и стерилизации. Визуальный контроль считается наиболее доступным, хоть и менее совершенным. Его проводят не сразу после дезинфекции. С помощью визуального контроля эффективности дезинфекции можно на месте выяснить своевременность выполнения завершающей дезинфекции, полноту охвата очага, окружения, правильность подбора объектов для проведения обеззараживания, рассматривания их в качестве факторов переноса инфекции.

Все условия, обстоятельства проведения дезинфекции вместе с возникающими вопросами о дозировках, дезинфицирующих средствах, нужно выяснять через опрос лиц, которые проживают непосредственно в очаге, путем проведения ознакомления с документами, составленными исполнителями дезинфекции. Во время контроля качества текущей дезинфекции непосредственно в очагах появления инфекции, выясняется настоящее санитарное состояние очага, наличие там дезинфицирующих средств, изолированности заболевшего с его предметами обихода. Контроль заключительной дезинфекции будет в себя включать правильное исполнение обеззараживания посуды, соблюдение норм личной гигиены, проведение всех остальных мероприятий.

При бактериологическом или любом другом виде контроля качества дезинфекции детских, медицинских учреждений проводится подробный опрос персонала, чтобы выяснить, как именно проводится дезинфекция, какая степень обеспеченности инструкциями, дезинфицирующими средствами.

Считается, что более совершенная форма осуществления проверки качества дезинфекции и дезинсекции в детских, больничных, иных учреждениях, это сочетание визуального контроля вместе с лабораторными исследованиями. Лабораторный контроль - это наиболее эффективный, достоверный критерий качества проведения дезинфекции.

Основываясь на практике работы, лабораторный контроль включает в себя химические, бактериологические, зоологические, энтомологические исследования. База для выполнения лабораторного контроля - это дезинфекционные лаборатории, которые находятся в составе городских дезинфекционных станций.