Территориально органы Роспотребнадзора имеют свою функциональную дислокацию. На Институт эпидемиологии Роспотребнадзора положены функции по:

• мониторингу эпидемиологической и инфекционной ситуации на определенной территории,
• управлению научными работами,
• рецензии исследовательской деятельности,
• выявлению и формированию путей борьбы с инфекционной и эпидемиологической патологией.

ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, согласно уставу и внутренним инструкциям, является основным учреждением Научного совета. Последний создан приказом совместной работы МЗ и РАМН. В функции Научного совета входит научно-исследовательская деятельность по вопросам инфекционных, паразитарных и эпидемиологических заболеваний.

В своей работе ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора тесно взаимосвязаны с Всемирной организацией здоровья, отечественными медицинскими университетами, академиями, центрами, медицинскими учреждениями зарубежных стран.

При Центральном НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора уже много лет успешно работают:

• Центр молекулярной диагностики инфекционных болезней;
• Федеральный научно-методический Центр по борьбе и профилактике СПИДа;
• Российские центры: по сальмонеллезам, шигеллезам, зоонозам, внутрибольничным инфекциям, гнойным менингитам, менингококковой инфекции;
• Медицинские центры по слежению за уровнем иммунитета населения к инфекциям,
• Медицинские центры по разработке средств специальной профилактики.

При НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора действует учебная часть по получению докторских, аспирантских степеней, работает практикующая ординатура. НИИ гордится тем, что сегодняшние преподаватели медицинских институтов и академий, работники самого института, практикующие медики писали свои научные труды под чутким руководством сотрудников института.

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора вакансии представляет разнообразные. Среди работников есть люди с громкими именами: это и член-корреспондент РАМН, и 6 Заслуженных сотрудников науки РФ, 15 лауреатов премий Правительства РФ, 6 лауреатов Государственных премий, 5 членов РАМН, 50 кандидатов наук, 18 профессоров и 39 докторов.

Именно силами ученых НИИ разработаны действующие положения и планы по диагностике инфекционных болезней, эпидемиологии, их лечению и последующих профилактических мероприятий. При институте действует Учебный центр по получению последипломного медицинского образования. На это и лицензия соответствующая имеется. Центр исполняет функции по обучению практикующих кадров, повышению их квалификационного уровня.