Центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора регулирует свою деятельность в согласии с законодательством Российской Федерации, Конституции, федеральным законодательством, международными нормами, а также актами, выданными Министерствами здравоохранения. Организация имеет свой, закрепленный в согласии с законами, Устав.

Центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора - юридическое лицо, и, согласно конституционным нормам и законам, имеет право заводить и распоряжаться собственным расчетным счетом, балансом организации. Организация имеет собственные реквизиты, круглые печати, штампы. Для работы с документацией центр гигиены и эпидемиологии использует собственные бланки, которые несут в себе название организации и печати. Центр имеет законное право на приобретение собственности, товаров и услуг, а также может, согласно закону, выступать в суде, как со стороны ответчика, так и со стороны обвиняемого.

Центр гигиены и эпидемиологии имеет сеть филиалов по стране, работа которых находится в подчинении главного ведомства. Каждый филиал центра гигиены и эпидемиологии оснащен крупными лабораториями и исследовательскими центрами, каждый из которых прошли аккредитацию и имеют право вести научную и исследовательскую деятельность, а также проводить медицинские тесты. Каждый филиал центра гигиены имеет право оказывать платные услуги частным лицам, юридическим организациям и предприятиям.

Основная сфера деятельности центра гигиены и эпидемиологии - изучение, лечение и ликвидация заболеваний, которые провоцируются инфекционными возбудителями. Центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора ведет широкую исследовательскую и научную деятельность, связанную с медициной. Это проведение различных тестов, экспертиз научно - исследовательского направления, работники центра проводят различные научно - медицинские испытания, и выдают конечный результат в виде официального заключения, связанный с гигиеническими и токсикологическими оценками. Одно из направлений работы центра гигиены и эпидемиологии - наблюдение и обеспечение безопасности населения при вспышке инфекционных заболеваний, вызываемых распространением паразитов. Работники центра занимаются детальным изучением среды, в которой живут люди и ее влияния на их здоровье. Центр гигиены и эпидемиологии занимается обучающими программами и пропагандой населения, направленной на ведение здорового образа жизни, и предотвращения появления и развития заболеваний инфекционной природы.