Существуют различные способы дезинфекции помещений и предметов, поэтому методы дезинфекции изделий медицинского назначения также бывают разными. Механическая дезинфекция требуется, если необходимо проводить очистку помещений. В том случае если это погреб или сарай, с земляным полом, то зараженные слои грунта необходимо удалять. Также механическая дезинфекция предусматривает в себе вытряхивание, стирку, мытье, обработку с помощью пылесоса, проветривание, фильтрацию.

Поэтому дезинфекция изделий мед назначения не проводится с использованием механических методов дезинфекции, так как они направлены всего лишь на уменьшение концентрации вредных организмов, а не на их полное удаление. Но по отношению к другим предметам это весьма эффективный метод, особенно в тех случаях, если доза возбудителя инфекции мала.

Существуют специальные режимы дезинфекции изделий медицинского назначения. Провести их дезинфекцию в некоторых случаях можно с помощью физических методов. Эти методы направлены на уничтожение вредных микроорганизмов путем сжигания, кипячения, использования солнечного света или горячего воздуха, радиоактивного излучения. Наиболее эффективными становятся физические методы в совокупности с химическими. Такая дезинфекция проводится в газовых камерах, которые бывают паровые, формалиновые, воздушные и газовые. В некоторых случаях дезинфекция предметов медицинского назначения проводится с использованием химических методов.

Газовая дезинфекция является одной из самых токсичных, и поэтому применяется крайне редко, в основном для обработки документов, пораженных плесенью или антикварных предметов. Но такой вид дезинфекции активно используется для стерилизации и дезинфекции инструментов медицинского назначения в стационарах.

Химический метод дезинфекции является одним из самых эффективных, так как способен быстро уничтожить вредные микроорганизмы. Такой метод основан на использовании химических препаратов, которые борются с бактериями с помощью своих бактерицидных, спороцидных и вирулецидных свойств. Биологический метод дезинфекции, как правило, применяется в биологических лабораториях и заключается во взаимодействии микроорганизмов между собой, когда один вид способен уничтожить другой. Существует также комбинированный метод, который позволяет комплексно бороться с возбудителями инфекционных заболеваний.